Les doctorants sont accueillis dans chacune des Facultés. Un directeur de cycle accueille les étudiants. 

Directeur du cycle de Doctorat

Faculté de Théologie

Daniel VIGNE , Professeur à la Faculté de Théologie, Docteur en théologie et en philosophie

Directeur du cycle de Doctorat

Faculté de Droit canonique

Bernard CALLEBAT, Maître de conférences à la Faculté de Droit canonique, Docteur en Droit canonique, DEA de sciences politiques, DEA d'histoire du droit et des institutions

Directeur du cycle de Doctorat

Faculté de Philosophie

Jean-Paul COUJOU, HDR