La recherche à l’ICT comporte quatre Laboratoires, regroupant 17 Équipes de recherche :

A - Laboratoire Art, Culture et Transmission
Responsable : Bernadette MIMOSO-RUIZ ; 5 Équipes de recherche :

« Lettres, Histoire et Art » (ERELHA) (Chemins et cheminements) ; responsable : Bernadette MIMOSO-RUIZ

« Herméneutiques bibliques » (La filiation) ; responsable : Monique-Lise COHEN

« Art, musiques et communications » (Les cathédrales) ; responsable : Pascale de LAJARTRE

« Groupe de Recherche images textes enfance jeunesse » (GRITEJ) ; responsable : Bernadette MIMOSO-RUIZ

« Equipe de recherche en didactique et médiation » (ERDIEM) ; responsable : Bozena BILLEREY

B - Laboratoire Iris (Institut de Recherche Interdisciplinaire sur les Sciences)
Responsable : Thierry MAGNIN ; 4 Équipes de recherche :

« Création et évolution » ; responsable : Jean-Michel MALDAME. Un groupe de travail sur Teilhard de Chardin lui est adjoint.

« L'Église et les sciences - La figure de G. Senderens » ; responsable : François COUDERC

« Réalité et relation matière-esprit en sciences, impact en Théologie » ; responsable : Thierry MAGNIN

« Éthique des sciences et techniques et sens de l’homme en société : recherche sur un programme d’enseignement pour des élèves ingénieurs et des étudiants d’Université » ; responsable : Thierry MAGNIN.

C - Laboratoire Centre Histoire et Théologie
Responsable : Stéphane-Marie MORGAIN ; 4 Équipes de recherche :

« Patristique et Spiritualité » ; responsable : Daniel VIGNE

« Claude d'Espence (1511-1571) : homélies sur la Parabole de l'enfant prodigue » ; responsable : Stéphane-Marie MORGAIN

« L'unité ecclésiologique à l'époque moderne : traités et questions disputées (XVe-XVIIe s.)» ; responsable : Stéphane-Marie MORGAIN

« Figure et Figures d'Église au XXème siècle : travail sur trois personnalités de l'histoire contemporaine, F. Mauriac, le pape Pie XI, et le Cardinal Eugène Tisserant » ; responsable : Marie-Thérèse DESOUCHE

À ce Laboratoire sont également rattachés deux Centres de recherche du Sud-ouest :
Le Centre Historique de Fanjeaux ; correspondant : Georges PASSERAT
La Bibliothèque du Collège d’Occitanie ; correspondant : Georges PASSERAT

D - Laboratoire éthique, Philosophie et société
Responsable : Denis FAÏCK ; 4 Équipes de recherche :

Chaire Jean Rhodain : « Réflexion sur le concept de "travail" dans la pensée sociale de l'Église, et confrontation avec d'autres disciplines » ; responsable : Marie-Christine MONNOYER

« Pensée médiévale et postérité contemporaine : Philosophie du droit, droit naturel et droit politique » ; responsable : Jean-Paul COUJOU

« Éthique, religion et société » ; responsable : Marie-Bruno BORDE. Cette Équipe comprend deux groupes de recherche : « Éthique et personnalisme » (ETHIPERS), responsable : Marie-Bruno BORDE ; « Christianisme, islams et sociétés arabes » (CISA), responsable : Marie-Thérèse URVOY

« Santé, spiritualités et sociétés» ; responsable : Thierry MAGNIN. Cette Équipe comprend aussi deux groupes de recherche : « L'accompagnement de la personne malade du cancer, corporel psychologique et spirituel », projet lié au Cancéropôle de Toulouse ; responsable : Thierry MAGNIN. « Pratiques spirituelles et guérison », en lien avec "Lourdes cancer espérance" ; responsable : Jean-Paul BERNIÉ